Genome7: Tecnologías de laboratorio y de secuenciación masiva (NGS)

 

  • Los más avanzados sistemas de illumina
  • Las últimas plataformas de PacBio
  • Laboratorio con flujos de trabajo totalmente automatizados y controlados 
  • Control de calidad y trazabilidad
  • Nuevas aproximaciones y pipelines de análisis bioinformático unido a informes y visualizacionesque ayudan a la interpretación 

Los más avanzados secuenciadores de illumina

Los más avanzados secuenciadores de illumina

En Genome7 contamos con el último y el más potente secuenciador de illumina especialmente diseñado para proyectos a gran escala: el NovaSeq 6000.

El sistema NovaSeq 6000 fue presentado por illumina este mismo año 2017. Entre sus más importantes características están la escalabilidad y la flexibilidad. Estas características lo hacen adecuado para multitud de tipos de proyectos NGS: Genómica humana o de cualquier organismo modelo, RNA-Seq para todo tipo de organismos o genómica bacteriana.

NovaSeq es un sistema con un alto rendimiento que consigue un coste muy bajo por base secuenciada y una gran cantidad de secuencia en muy poco tiempo. 

Como ejemplo, en Genome7, con NovaSeq 600 podríamos secuenciar diariamente sin problema 24 genomas humanos ya que el sistema tiene un rendimiento de hasta 48  genomas humanos por día. El sistema NovaSeq es capaz de producir 6Tb de datos por cada run y en sólo 40 horas. 

 

Genome7 cuenta también con un MiSeq de illumina que es es secuenciador ideal para, por ejemplo, proyectos de 16S y de genomas de novo de bacterias.

 

The newest PacBio sequencing platform

The newest PacBio sequencing platform

En el Laboratorio de secuenciación de Genome7 contamos con el secuenciador de tercera generación PacBio Sequel.

El nuevo sistema PacBio Sequel está basado en la tecnología SMRT (Single Molecule, Real-Time) y es capaz de generar  7X más reads  que el anterior sistema generando 1 million  de ZMWs (zero-mode waveguides) por SMRT Cell.

El  secuenciador PacBio Sequel es lo ideal para proyectos que necesiten realizar ensamblajes de novo de genomas y conseguir un alto grado de completitud del genoma. PacBio Sequel es la mejor opción para secuenciar de novo genomas de bacterias o cualquier otro genoma de organismos no modelo para los que no exista genoma de referencia y se quiera conseguir un genoma completamente ensamblado. Es especialmente eficaz en genomas con un alto contenido de secuencias repetitivas ya que la gran longitud de las reads permite resolver las regiones repetitivas durante el proceso de ensamblaje.

Otra aplicación de la tecnología PacBio es el análisis de biodiversidad utilizando CCSs (Circular Consensus Sequences) para  analizar el gen 16S completo en toda su longitud. Esta aproximación permite realizar la asignación taxonómica de forma mucho más precisa y conseguir por tanto un perfil taxonómico de las comunidades bacterianas mucho más específico.

También utilizando aproximaciones basadas en CCSs PacBio es especialmente útil para el análisis de repertorios de TCRs y BCRs. Este análisis de repertorios es una herramienta de seguimiento muy útil en:

  • inmunoterapia de cáncer
  • desarrollo de vacunas
  • enfermedades infecciosas
  • enfermedades autoinmunes
  • trasplantes

La tecnología PacBio permite analizar amplicones más largos y utilizando CCS (Circular Consensus Sequences) se garantiza una tasa de error muy baja para cada read. Genome7 ofrece servicios de Inmunogenómica de análisis de repertorios de BCRs TCRs basados en la plataforma de secuenciación PacBio Sequel.

Fully automated lab workflows

Fully automated lab workflows

En Genome7 hemos diseñado el Laboratorio para que esté totalmente automatizado. Para ello contamos con 3 robots Fluent TECAN de avanzada tecnología específicamente programados para automatizar los procesos de extracción de ácidos nucléicos y los procesos de preparación de librerías previos a la secuenciación para diferentes flujos de trabajo según el tipo de proyecto.

Sistemas de fluídica avanzada para manejo de líquidos sin pipeteo

Sistemas de fluídica avanzada para manejo de líquidos sin pipeteo

Para las aplicaciones susceptibles de optimización con sistemas de fluídica avanzada contamos con un Echo 525 liquid handler, que permite transferir cantidades tan bajas como 25 Nanolitros de una placa a otra. Esto evita el uso de pipetas y todo el consumo logístico y de materiales que esto implica.

 

Éstas son algunas características de este sistema: 

  • Alta precisión y exactitud en la transferencia de bajos volúmenes que permite la miniaturización de los ensayos
  • Gran rapidez permitiendo ensayos 50 a 100 veces más rápidos que los sistemas de fluídica tradicionales, lo que da un gran rendimiento al laboratorio
  • Elimina las variaciones asociadas al pipeteo que muchas veces afectan al éxito de los ensayos

 

 

 

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