Genómica Humana: Medicina y Salud

Con una especialización en estudios de Genómica de cáncer.

  • Secuenciación de genoma humano con illumina (reads cortas):

                 - Análisis de SNP en genoma completo

                -  Análisis de SNP en exoma 

  • Genoma humano completo con ensamblaje de novo con PacBio (reads largas)
  • RNA-Seq con illumina:

                 - mRNA
                 - miRNA
                 - lncRNA
                 - circ-RNA

  • Microbioma humano:

​                 - Perfil taxonómico basado en 16S
                 - Perfil taxonómico basado en 18S
                 - Perfil taxonómico basado en ITS
                 - Perfil taxonómico y perfil funcional usando aproximaciones de metagenómica shotgun

  • Inmunogenómica con PacBio:

                 - repertorio TCR
                 - repertorio BCR
                 - Tipaje genómico HLA

  • Secuenciación específica de regiones de interés (amplicones específicos)

                 - con illumina
                 - con PacBio

 

Investigación básica para cualquier tipo de organismo

Trabajamos con todo tipo de muestras de cualquier tipo de organismo. El laboratorio de genómica de Genome7 está acredidato como Laboratorio P3 (nivel 3 de seguridad biológica).

Realizamos servicios de secuenciación masiva (NGS) y de análisis bioinformático para cualquier tipo de organismo:

  • Secuenciación de genomas con illumina (reads cortas)
  • Secuenciación de genomas con ensamblaje de novo con PacBio (reads largas)
  • RNA-Seq  con illumina
  • Secuenciación de amplicones de regiones específicas de interés:

                 - con illumina
                 - con PacBio

 

Genómica microbiana: Salud y Biotecnología

  • Secuenciación de genomas bacterianos con illumina (reads cortas)

​                 - Ensamblaje de novo y anotación funcional de genes
​                 - Análisis de SNPs en todo el genoma (alineando las reads al genoma de referencia) con analysis filogenético

  • Genoma completo con ensamblaje de novo con PacBio (reads largas)

           El ensamblaje de novo con PacBio permite obtener genomas completamente cerrados (el cromosoma en un sólo contig y cada plásmido en un sólo contig).

           Tener  un ensamblaje de la máxima calidad facilita obtener también una anotación al más alto nivel de completitud.

  • Genómica comparativa para bacterias

                 - Análisis del impacto funcional  de los SNPs detectados en un grupo de aislados
                 - Análisis filogenómico
                 - Comparación de genomas basada en el alineamiento de los genomas enteros

                 - Tabla de ortólogos

  • RNA-Seq para bacterias con illumina
  • Análisis de Microbioma con illumina o con PacBio:​

                 - Perfil taxonómico basado en 16S
                 - Perfil taxonómico basado en 18S
                 - Perfil taxonómico basado en ITS 
                 - Perfil taxonómico y perfil funcional utilizando aproximaciones de metagenómica shotgun

 

Tecnologías de los alimentos, agricultura y veterinaria

  • Secuenciación de genomas de organismos eucariotas con illumina (reads cortas)
  • Secuenciación de genomas de organismos eucariotas con ensamblaje de novo con PacBio (reads largas)
  • RNA-seq sequencing with illumina (coding and non-coding RNA)
  • Análisis de Microbioma:

​                 -  Perfil taxonómico basado en 16S
                 -  Perfil taxonómico basado en 18S
                 -  Perfil taxonómico basado en ITS
                 -  Perfil taxonómico y perfil funcional basado en aproximaciones de metagenómica shotgun

  • Secuenciación de amplicones de una región específica de interés:

                 -  con illumina
                 -  con  PacBio

Estos tipos de análisis del microbioma pueden aplicarse para el análisis de la composición alimentos, el estudio de la rizosfera de planstas (uso de micorrizas en la mejora de cultivos) o para la detección de patógenos en plantas, animales o alimentos. En la producción de alimentos que incluyen fermentaciones (queso, vino, cerveza, pan) el análisis del microbioma puede ayudar en la optimización de la eficiencia en la producción. Otras aplicaciones de la secuenciación masiva en el sector agrifood están basadas en el genotipado para la selección de características ventajosas (mejora de plantas de cultivo y de animales en ganadería)

 

Ciencias ambientales y biocombustibles

Ofrecemos servicios de secuenciación masiva para el sector de ciencias medioambientales y de produción de biocombustibles. Entre ellas análisis de microbiomas con proximaciones de metagenómica shotgun o de amplicones (16S, 18S, ITS) que permiten estudiar cambios en el microbioma producidos por la contaminación, cambios estacionales, buscar nuevos organismos para la lucha contra plagas con medios biológicos, análisis de aguas, análisis en plantas de tratamiento de aguas residuales o para estudiar la composición del suelo. 

Para el sector de biocombustibles ofrecemos estudios de microbiomas para buscar actividades enzimáticas específicas de interés, secuenciación y caracterización de genomas de hogos o de bacterias utilizadas en el proceso de producción de biocombustibles.

 

 

Solicita presupuesto o pídenos más información sobre nuestros servicios NGS:



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